Gianangelo Graf Braschi, der spätere Papst Pius VI., wurde am 25. Februar 1717 in Cesena geboren. Er war seit 1766 Schatzmeister der Apostolischen Kammer und ab 1773 Kardinalpriester von San Onofrio.

Pius, jähzornig, ehrgeizig und eitel, ließ den Nepotimus wieder aufleben und begann seine Regierung mit einem Edikt gegen die Juden, das neue Demütigungen, Drohungen und Gewalttätigkeiten zur Folge hatte. Diese Vorgangsweise stand im Widerspruch zu den Josephinischen Reformen. Die Reformfreudigkeit des aufgeklärten Absolutismus war allgemein auf Gesellschaft und Staat ausgerichtet, versuchte eine zentralistische Verwaltung zu schaffen und duldete so keine Konkurrenz. Kaiser Joseph II. begann gemäß diesem Gedankengut auch in religiöse Belange einzugreifen. Im Toleranzpatent vom 13. Oktober 1781 gestattete er die freie - wenn auch nichtöffentliche - Religionsausübung laut der aufklärerischen Tradition der Toleranz. Den Protestanten wurde es so gestattet, Bethäuser ohne Glockenturm und Geläute und ohne Eingang von der Straßenseite her zu bauen. Schon 1782 hatten sich 73.722 Protestanten in 28 Kirchen organisiert (im Jahre 1787 waren es bereits 156.865 in 154 Kirchen.Daraufhin begann selbst der tolerante Joseph II. den Übertritt zum Protestantismus zu erschweren). Am 2. Jänner 1782 veröffentlichte der Kaiser noch ein Toleranzpatent für die Juden. Diese Gesetzgebung beunruhigte zunehmend die katholische Kirche. Von katholischer Seite wurde vor allem der Eingriff des Staates in die inneren Angelegenheiten der Kirche abgelehnt. Am 22. Februar 1782 traf der Papst in Wien zu einem Besuch ein, um der Gefahr dieser Reformen zu begegnen. Er erreichte beim Kaiser aber keine Milderung oder Änderung der Maßnahmen. Ein Jahr später stattete der Kaiser in Rom seinen Gegenbesuch ab.

Die Erklärung der Menschenrechte zu Beginn der französischen Revolution beantwortete der Papst mit dem Breve „Quod aliquantum”, das Menschenrechte, Gedankenfreiheit, Redefreiheit und Pressefreiheit als Ungeheuerlichkeiten verdammte. Den in den Kirchenstaat eindringenden Ideologien stand der Papst aber fortan machtlos gegenüber. Er kam in akute Gefahr, als Napoleon den Oberbefehl über die Truppen in Italien erhielt und mit der Eroberung begann. Im Frieden von Tolentino wurde der Papst gezwungen, auf Avignon und das Venaissin zu verzichten. Er hatte 46 Millionen Goldscudi zu zahlen. Am 10. Februar 1798 wurde Rom durch den General Berthier besetzt, am 15. Februar 1798 wurde der Papst für abgesetzt erklärt. Pius VI. wurde als Gefangener nach Frankreich gebracht. Er starb im Exil in Valence.