Michael von Kuenburg wurde am 10. Oktober 1514 geboren. Er entstammte einem Kärntner Adelsgeschlecht, das aus der Ministerialität der Grafen von Ortenburg hervorgegangen war sich ursprünglich nach dem Ort Deinsdorf bei St.Thomas am Zeiselberg nannte. Seit 1388 nannte sich seine Familie nach der Feste Khuenburg östlich von Hermagor im Gailtal. Michaels Vater war Christoph II., Pfleger der Feste Obersachsenburg. Dieser hatte aus drei Ehen nicht weniger als neunzehn Kinder. Michael studierte an der Universität Ingolstadt und wurde 1538 Domherr in Passau. Seine Aufnahme in das Salzburger Domkapitel erfolgte im Jahre 1550. Herzog Ernst hatte dem Domkapitel angeraten, möglichst bald die Neuwahl des Erzbischofs zu vollziehen, um eine päpstliche Reservation zu verhindern. Grund dafür war, dass Kaiser Karl V. nach wie vor Kardinal Christoph von Madruzzo, Bischof von Trient, zum neuen Salzburger Landesfürsten gewählt haben wollte. Auch waren bayrische Gesandte eingetroffen, die sich für die Wahl von Wolfgang Graf Salm, Bischof von Passau, einsetzten. Papst Julius III. setzte sich ebenfalls für diesen Kandidaten ein. Das Domkapitel berief sich jedoch auf das Privileg der freien Wahl und wählte am 21. Juli 1554 Michael von Kuenburg zum neuen Erzbischof. Der Papst bestätigte am 29. Oktober 1554 diese Wahl und verlieh zugleich auch das Pallium. Michael, persönlich ein sittenstrenger Mann, erwies sich nicht nur als Gegner der Protestanten, sondern auch als ein Kirchenfürst, der bereit war, gegen die Missstände in den eigenen Reihen vorzugehen. Er gehörte zu den heftigsten Gegnern des Augsburger Religionsfriedens. Der neue Erzbischof ging konsequent an eine Reform des Klerus im Erzstift heran. Allen Priestern wurde das bereits unter Keutschach verfasste Ritual und Agendenbüchlein zugesandt. In einem scharfen Mandat wies Michael auch die weltlichen Beamten an, allen Irrlehren entgegenzutreten. Eine Berufung von Jesuiten nach Salzburg scheiterte noch am unüberbrückbaren Widerstand des Domkapitels. Den Kampf gegen das Luthertum, der schon seinen beiden Vorgängern zu schaffen gemacht hatte, setzte auch Michael ohne besonderen Erfolg fort. Das verdiente Geld setzte er wohltätig ein, kein Armer zog unbeschenkt davon. Im Bischofshof errichtete er einen Uhrturm, wegen Brandgefahr ließ er aber die von Herzog Ernst dort eingerichteten Betriebe wieder einstellen. Erzbischof Michael war, wie viele seiner Zeit, von Jagdleidenschaft erfüllt. Im Herbst 1560 stattete er Herzog Albrecht V. von Bayern einen Besuch ab und ging mit diesem im Geisenfelder Wald auf Wildschweinjagd. Auf der Rückreise nach Salzburg erlitt der sehr beleibte Michael einen Schlaganfall und verstarb wenige Stunden später. Die Beisetzung erfolgte am 24.November 1560 im Salzburger Dom. Michael hatte versucht, durch sein persönliches Vorbild dem Vordringen des Protestantismus zu begegnen. Durch seinen frühen Tod konnte diesem Vorhaben kein Erfolg beschieden sein. Bereits elf Tage nach seinem Ableben wurde sein Nachfolger gewählt.